Мушараф прыйшоў да ўлады ў 1999 годзе ў выніку ваеннага перавароту і спачатку займаў пасаду прэм’ера. У 2001 годзе ён абвясьціў сябе прэзыдэнтам, захаваўшы за сабой пасады прэмʼера і начальніка штабу сухапутных сіл. У 2002 годзе тэрмін прэзыдэнцтва Мушарафа працягнулі на 5 гадоў.
У 2007 годзе Мушараф уступіў у канфлікт з уласным асяродзьдзем і Вярхоўным судом, які быў супраць ягонага ўдзелу ў чарговых прэзыдэнцкіх выбарах. 6 кастрычніка 2007 году яго ўсё ж пераабралі на новы тэрмін. Вярхоўны суд пачаў зацягваць зацьвярджэньне вынікаў галасаваньня. У выніку ў Пакістане пачаўся палітычны крызіс.
Тады Мушараф увёў надзвычайнае становішча, прыпыніў дзеяньне канстытуцыі і шэрагу грамадзянскіх свабодаў, а пазьней прыняў прысягу прэзыдэнта.
Парлямэнцкія выбары, якія адбыліся ў лютым 2008 году, прынесьлі перамогу апазыцыі. Каб пазьбегнуць імпічмэнту, Мушараф 18 жніўня 2008 году пайшоў у адстаўку і зьехаў у Лёндан.
У 2013 годзе Мушараф вярнуўся ў Пакістан для ўдзелу ў парлямэнцкіх выбарах, але хутка там на яго завялі некалькі крымінальных спраў, у тым ліку па абвінавачаньні ў забойстве экс-прэмʼера Бэназір Бгута і дзяржаўнай здрадзе. Мушарафа арыштавалі і адправілі пад хатні арышт.
У сакавіку 2016 году Мушарафу дазволілі выехаць за мяжу на лекаваньне, але ён паабяцаў вярнуцца ў Пакістан, каб паўстаць перад судом. 17 сьнежня 2019 году Спэцыяльны суд Пакістана вынес Мушарафу сьмяротны прысуд. Яго прызналі вінаватым у дзяржаўнай здрадзе за ўвядзеньне ў 2007 годзе надзвычайнага становішча.
13 студзеня 2020 году суд у Пакістане скасаваў сьмяротны прысуд, вынесены Пэрвэзу Мушарафу. Вышэйшы суд у Лагоры прызнаў неканстытуцыйным фармаваньне складу спэцыяльнага трыбуналу, які завочна судзіў Мушарафа.
Апошнія гады Мушараф пражываў у Абʼяднаных Арабскіх Эміратах.
