Прафэсар Міхайлаў стаў ініцыятарам стварэньня ў Менску ВНУ на эўрапейскі манер і ў 1992 годзе стаў першым рэктарам унівэрсытэту. Ад 1 кастрычніка 2014-га займаў пасаду прэзыдэнта ЭГУ.
«Ня мог сабе ўявіць у далёкім 1992 годзе, што знаходжаньне на нязвыклай для мяне адміністрацыйнай пасадзе зацягнецца на такі працяглы тэрмін. Мой першы зварот аб адстаўцы быў у 2001 годзе, калі я адчуў цяжар захаваньня праекту ў вельмі складаных умовах. У той час, аднак, было цяжка прадбачыць увесь драматызм аднаўленьня і існаваньня ЭГУ ў выгнаньні. Але цяпер, цягам чарговага этапу трансфармацыі ўнівэрсытэту, найбольш спрыяльны момант для майго рашэньня», — цытуе сайт установы свайго шматгадовага кіраўніка.
У 2004 годзе беларускія ўлады спынілі дзейнасьць Эўрапейскага гуманітарнага ўнівэрсытэту за разыходжаньне з праграмамі Міністэрства адукацыі. Налета яго дзейнасьць была адноўленая ў Вільні.
Нягледзячы на адстаўку з прэзыдэнцкай пасады, Анатоль Міхайлаў працягне выкладчыцкую і дасьледчую дзейнасьць у якасьці прафэсара філязофіі. Яшчэ ў 1966 годзе ён атрымаў ступень доктара філязофіі ва ўнівэрсытэце імя Фрыдрыха Шылера ў нямецкай Ене.
